Gracias a un error intentando mezclar el audio de Wall-E en DTS con la película, en el que las mkvToolnix 2.2.0  me empezaban a chupar memoria hasta hacer cascar el proceso, me di cuenta de que han sacado una nueva versión de las mismas, la 2.4.1 y que con esta, el multiplexado del DTS fue perfectamente sin ningún problema, así que recomiendo que se actualicen a esta nueva versión.

Pueden echarle un vistazo al changelog para ver que cosas han cambiado desde versiones anteriores.